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Cette cathédrale a été construite en 1882 pour servir une communauté catholique en croissance rapide. Elle a remplacé une chapelle construite en 1796 dans la rue Prince George Street, située à 500 mètres du côté ouest.
Selon des documents officiels, il n'y avait que deux catholiques à Portsmouth en 1767. Mais dès 1791 ils étaient au moins 130. Beaucoup étaient des descendants de gens qui, au moment de la Réforme du milieu du 16ème siècle, avaient refusé de reconnaître le Souverain comme chef de l'Eglise en Grande-Bretagne. Ils avaient gardé leur foi d'avant la Réforme qui reconnaissait le Souverain comme leur chef temporel mais le Pape comme leur chef spirituel. De ce fait, leur loyauté envers la Couronne Britannique était mise en doute. C'est pourquoi, malgré leur serment de loyauté envers la couronne et le gouvernement pour ce qui était des choses temporelles, ils étaient assujettis à une série de lois pénales très dures destinées à les encourager à se conformer à l'Eglise Protestante anglaise et à les maintenir sous surveillance. Mais à partir de la seconde moitié du 18ème siècle des événements montrèrent peu à peu que leur loyauté était digne de confiance et ces lois pénales furent progressivement abrogées entre 1778 et 1829.
Avant 1791 il était illégal pour des catholiques d'avoir des chapelles dans des villes comme Portsmouth qui étaient représentées à la Chambre des communes. La seconde loi de 1791 sur le catholicisme, (Second Catholic Relief Act) donna le droit aux catholiques d'ouvrir leur chapelle à Portsmouth. Un groupe de laïques catholiques de la ville fit une demande auprès de l'Evêque catholique de Londres pour avoir leur prêtre qu'il supporterait eux-mêmes. Le premier prêtre, John Cahill, avait une chapelle dans une maison privée dans la rue Unicorn Street. En 1794 Joseph Knapp lui succéda et ouvrit en 1796, dans la rue Prince George Street une chapelle qui pouvait accueillir 300 personnes. Cette chapelle fut agrandie en 1851 en raison du nombre toujours croissant de soldats catholiques dans l'Armée Britannique, environ 30 %, car Portsmouth était une importante ville de garnison. Vers la fin des années 1870 il fallait une église plus grande encore. Le terrain sur lequel est bâti cette cathédrale fut acheté au ministère de la guerre en 1877 car les remparts de Portsmouth, situés à 100 mètres du côté ouest, étaient devenus inutiles et furent démolis.
La nouvelle église fut inaugurée comme lieu de culte en août 1882 et fut immédiatement appelée l'Eglise Mère du Nouveau Diocèse Catholique de Portsmouth. L'ancienne chapelle fut fermée. La cathédrale fut complétée en 4 étapes : la nef en 1882, la croisée du transept en 1886, le chour en 1893 et le narthex et le porche ouest en 1906. La cathédrale fut gravement endommagée par les bombardements ennemis de 1941 qui détruisirent la maison de l'évêque qui se trouvait tout à côté. Depuis sa restauration après la guerre, en 1950, l'intérieur de la cathédrale a été réaménagé trois fois, en 1970, en 1982 et en 2001.
Jusqu'en 1884, la cathédrale et la chapelle qui l'a précédée étaient les seules églises catholiques de la région de Portsmouth. En 1884 l'église de Swithun ouvrit à Southsea. Il y a maintenant 7 églises catholiques dans la ville de Portsmouth. En plus de sa fonction en tant qu'Eglise Mère du Diocèse, la cathédrale St Jean offre des services réguliers à une paroisse d'environ 6 km².
Du point de vue architectural, on peut dire que la cathédrale est de style gothique français du 19ème siècle car elle a une abside courbe et des transepts peu profonds. A l'origine elle fut conçue par John Crawley pour avoir une flèche haute orientée sud-ouest mais la géologie du terrain ne permit pas de réaliser ce plan. Crawley mourut au moment où les travaux de construction commençaient et son partenaire Joseph Hansom reprit le projet et en modifia le plan. L'église est construite en briques rouges de Fareham avec des moulures en pierre de Portland. La plupart des vitraux, en particulier ceux situés au dessus du maître-autel, furent endommagés par les bombardements de 1941. La rosace du transept sud est la seule à ne pas avoir été endommagée. Un baldaquin raffiné qui autrefois surmontait le maître-autel fut enlevé durant le réaménagement de 1970. La partie la plus récente de l'édifice est la chapelle St Patrick, construite en 1924.